《满溢游泳池》是一部充满夏日气息的治愈青春漫画。主角小泳是个不善言辞的高中生，她唯一的慰藉就是放学后去学校那个几乎废弃的旧游泳池，一个人安静地漂浮在水面上。有一天，她发现游泳池的水总是“满溢”出来，并顺着水流遇见了一个能听懂水“说话”的神秘少年。两人一起探索游泳池的秘密，并在此过程中，与一群同样孤独的少年少女建立了友谊。
新学期开始，游泳池被重建为现代化的场馆。但小泳和朋友们发现，在雷雨交加的夜晚，那个会“说话”的旧游泳池仍会以幻影的形式出现，守护着他们的夏天记忆。
少年阿泉终于告诉小泳，他是这个游泳池百年前一位溺水少年的思念凝聚而成的“水灵”。他存在的意义，就是确保每个孩子都能在夏日获得快乐，不再有悲剧发生。
一位因家庭变故而压抑自己感情的女孩来到游泳池边哭泣。游泳池中的水仿佛感受到了她的悲伤，缓缓涨起，温柔地包裹住她，让她终于放声哭了出来。
梅雨季节，游泳池因大雨面临被拆除的风险。小泳和伙伴们一起制作了巨大的“祈愿风铃”挂在池边，希望用声音的力量感动校方，保护住这个他们心中的圣地。
小泳发现晚上总有一个黑影潜入游泳池。跟踪后发现是同班的“透明人”小诚，他习惯在夜里偷偷练习潜水，因为他害怕白天的目光，只想在水中找到自我。
小泳第一次发现游泳池的水位在无人时莫名上涨。她顺着水流的方向，在池底捡到一枚古老而精美的玻璃珠，随即看到一个少年的虚影对她微笑，吓了她一跳。